Η διαδικασία για τη χρήση της ειδικής διάταξης του 5% έχει ως εξής:
- Οι υποψήφιοι καλούνται ετησίως να υποβάλλουν αίτηση με τα προβλεπόμενα δικαιολογητικά σε μία από τις Ειδικές Επταμελείς Επιτροπές των Νοσοκομείων, προκειμένου να εκδοθεί νέο Πιστοποιητικό Διαπίστωσης Πάθησης βάσει της ισχύουσας νομοθεσίας, σε συγκεκριμένες ημερομηνίες που ανακοινώνονται από το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων (ΥΠ.Π.Ε.Θ).
- Σε δεύτερη ημερομηνία, το ΥΠ.Π.Ε.Θ καλεί τους υποψήφιους που εγκρίθηκαν από τις Επιτροπές να υποβάλουν ηλεκτρονικά το Μηχανογραφικό Δελτίο για την εισαγωγή τους στην Τριτοβάθμια Εκπαίδευση και να το αποστείλουν μαζί με τα απαραίτητα δικαιολογητικά στην τρέχουσα Επιτροπή Συγκέντρωσης και Ελέγχου δικαιολογητικών υποψήφιων με σοβαρές παθήσεις.
- Αφού ολοκληρωθεί η διαδικασία του ελέγχου και τα αποτελέσματα εισαγωγής ανακοινωθούν στην ιστοσελίδα του Υπουργείου, οι εισαχθέντες με το 5% καταθέτουν στη γραμματεία της Σχολής ή του Τμήματος επιτυχίας τα δικαιολογητικά που απαιτούνται. Η κάθε γραμματεία κάνει τον τελικό έλεγχο για την πληρότητα και τη νομιμότητα των δικαιολογητικών και ανακοινώνει ημερομηνία προκειμένου να ολοκληρωθεί η εγγραφή των εισαχθέντων.